高頻電子除垢儀主要包括水處理器和高頻發生器兩部分。在除垢儀工作過程中，電子電路產生了高頻電磁震蕩。當水處理器與發生器相連后，在水處理器中的兩固定電極間將隨時間周期性變化感應出的等量異號電荷。因為兩極上的電荷隨時間會發生變化,因此激發的電場也會隨之時間變化。依據麥克斯韋的電磁理論，隨時間變化的電場會在空間激發出隨時間變化的磁場,而進而又激發出隨時間變化的電場。由于電場與磁場的不斷相互激發，在水處理器間會形成一定強度的高頻交變電磁場。水及溶解鹽中的正負離子將通過高頻的交變電磁場，在流動中獲得能量,處理了流過處理器的水。在正常情況下，水分子都不屬于單個存在的，它們是以氫鍵的形式結合成水分子團的。而處理過的循環水中的水分子之間鍵合斷裂，從而增加了水對結垢物質的溶解程度,水垢的析出過程受阻，最終達到防垢的目的。另外關于小水分子的數量增多，水分子的活動會更加自由，使水的溶解度提高、黏滯力降低以及滲透性增強，從而促使水更容易滲透到老垢的微細間隙中，剝落掉老垢。除此之外，在交變磁場中，受洛倫茲力作用水中的水合離子做螺旋式圓周運動，同時正、負離子的旋轉方向相反，在正負離子做相反方向旋轉時，就會將連接在他們之間的氫鍵扭斷,從而讓水的結構發生變化，最終改變水的理化性質。